位(😅)于东(🎄)京西部的巨大“学园都市”。在(🏒)总人口达230万人(📒)，其中约8成是学生(💛)的这座(🐵)都(👶)市中，实施着(🍵)超能力开发的特殊课程，学生们的能力被给(🍞)予从“无能力Level 0”到“超能力Level 5”的(👫)六阶段(🏵)评价(🦐)。 　　高中(🎊)生(🕉)上条当麻，也是住在学园都市的学生之一(🥦)。他由于隐藏在右手中(🥪)的力量—(💒)—只(🎠)要是异能之力，就连神(🚓)的(🔙)加护(😽)都能(👞)消(🌎)除的“幻想(📒)杀手Imagine Breaker”，而被(♑)评价(🍾)为名落孙山的“无能(🍑)力”，过着充满不幸的人生。 　　(🐋)而上条的学生生活，由于暑假开始时从天而降的纯(👪)白修女(🗜)而(⬇)发生(🥣)了巨大的变化(🌔)。自从与逃(🛤)离“魔法”世界的她(🐼)——(🏔)“禁书目录茵蒂克丝”相遇开始，上条(🥋)就被卷入了各(🦓)种各样的事件中。统率学园都市的“科学(🏾)”方、(🤘)与茵蒂克丝关联的“魔法”方，在惊(🌋)险地解决(😳)双方事件的过程中，他的人际关系也逐步扩展。之后，魔(㊗)法一方(🌘)的十字教最大宗派罗(🚹)马正教，终于注意到上条的(👥)存在……。 　　如同(🥪)呼(⛷)应(💿)魔法方一般，科学方的学园都市也有所动作。但也有与逐渐(🔔)开始对立的世界动向抗争的(🤯)人不(🐽)断出现。那(🏨)些通过与上条有所关联，而(🍄)使命运大(🌦)为改变的“英雄(🏷)”们。 　　他们挺身而出与世界对峙。如同上条当麻做过的那样。 　　科学与魔法(🎦)第(🏉)三次交织之时(➖)，故(👯)事将大幅推进！！